某年聖誕夜,三個住居東京某公園的街友阿仁、小花跟美由紀意外在垃圾堆裡撿到了一名遭到遺棄的女嬰,小花將之起名為「清子」,取其聖潔之意。曾經有過家庭的阿仁建議將清子送到警察局去,但一直希望能生個孩子的男大姊小花卻堅持要找到她的親生父母。阿仁妥協了,三人開始了一趟自己無法想像的奇幻旅程。他們意外參加黑道大哥嫁女兒的婚宴、幫一名年邁的街友送終、逃過意外死劫、捲入一宗誘拐案件、面對各自的過往,並親眼見證奇蹟的發生。
英年早逝的日本動畫大師今敏留下的作品屈指可數,特色多為虛實交錯,具相當魔幻色彩。當中,《東京教父》可說是他寫實色彩最為濃厚的作品。極其戲劇化的故事劇情,在今敏的巧手剪接及處理下,不但明快流暢、引人發笑、賺人熱淚,更充分顯現出對都市底層居民的關懷及悲憫。
一如真實世界,《東京教父》裡的三位街友各有成因。劇中,具備「父親」角色功能的阿仁曾經有過一段婚姻,有過一個女兒。可惜終因其沉溺喝酒與賭博無法自拔而積欠大筆債務,拋家棄女,開始過起無緣生活,直到遇見男大姊小花。
曾是變裝酒吧紅牌的小花也有過一段戀情,但卻因心愛的男人「在浴室踩到肥皂摔倒」逝世而告終。工作部分,則因一名來店裡飲酒的顧客以「臭老頭」稱之而發飆揍人,後來抱有罪惡感而主動離開。無父無母,同樣遭到雙親遺棄的他的確是扮演「母親」的不二人選。